Research

Welcome to Takano-Shimizu, Tomaru & Sanuki Lab

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Takano-Shimizu, Toshiyuki

「歴史を再現し、今を知り、そして明日を視る」; 明日のための進化ゲノム学

生命活動は正確であるとともに頑健(ロバスト)でなければなりません。遺伝子の調子がちょっと悪かろうが、間違いが起ころうが、私たちは少々の逆境にもへこたれません。
一方で、生命は進化することを止めることもありません。環境に適応する進化能を併せもちます。遺伝学や発生生物学などのウエットな実験と集団遺伝学を基盤とする理論生物学とコンピューターシミュレーションを駆使したドライな解析の両面から、頑健性と適応という一見、相反する生命現象を支える遺伝子と細胞の働きを明らかにします。

私たちが運営する Kyoto Stock Center (DGRC) は現在、25,000を超えるショウジョウバエ系統を維持・管理しています。豊富な遺伝資源と恵まれた研究環境を生かし、日々研究に励んでいます。
頑健さは年齢と無縁ではありません。頑健さを通して老いること、死をみつめなおします。不老不死ではなく、生と死、老いについての理解を深めることで減薬社会をめざします。

具体的には現在、次の研究課題に取り組んでいます(研究内容のページへ)。

  • 遺伝子発現を制御するシス−トランス因子間の分子共進化
  • 発生過程の頑健性を支えるメカニズム
  • 器官のサイズコントロールとサイズの進化
  • 生殖学:雑種不妊にみられる脆弱な精巣形成の理由
  • 配偶行動・雌雄のコミュニケーション
  • 遺伝子ネットワーク構築法の開発

お問い合せは 高野 敏行 まで。

 

Sugie, Atsushi

In our laboratory, we focus on ‘elucidating the mechanisms of neuronal robustness’ and ‘contributing to the study of neurological disorders.’ Our research explores how neurons withstand excessive activity and how this resilience changes in neurodegenerative conditions. As part of this research, we have developed a model of neuronal hyperactivity in the optic neurons of fruit flies induced by light stimulation, and have elucidated its pathological mechanisms. Furthermore, we have developed an automated quantification program using machine learning, ‘MeDUsA,’ advancing the identification and understanding of molecules related to the robustness of neurons.

Additionally, by utilizing fruit flies, we have clarified the pathological significance of genetic mutations, contributing to the research of rare diseases and autosomal dominant optic atrophy, among other neurological disorders. The use of fruit flies allows us to efficiently test the effects of many unexplored genetic mutations, even within time and budget constraints. The simplicity and rapid genetic analysis of fruit flies complement human disease research and have the potential to lead to the development of new treatments.

We aim to serve as a bridge between basic and clinical research, contributing to the understanding of neurological survival mechanisms, advancing our knowledge of neurological diseases, and aiding in diagnosis.

〒616-8354
京都市右京区嵯峨一本木町1
京都工芸繊維大学 昆虫先端研究推進センター
ショウジョウバエ遺伝資源研究部門
Tel: 075-873-2660 (代表)

メールでのお問い合わせはこちら

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遺伝子発現を制御するシス−トランス因子間の分子共進化

これまでの進化学の考え方では、転写因子など遺伝子発現をトランスに制御する因子は保守的で、変化が遅いと信じられてきました。その理由は、例えば、転写因子が変化してしまうと、これが制御する多くの遺伝子の発現を一気に変えてしまい、生物に重篤な影響をおよぼすと予想されたからです。この予想と一致して、進化の過程では、各遺伝子の発現調節領域に起こるシス変異が重要であり、これにより個々の遺伝子レベルでの発現進化が起こったと報告されてきました。本研究では、これまで無視されてきたトランス因子とシス調節領域との補償的な変化も考慮して、進化のシミュレーションを行いました。その結果,これまでの研究ではシス変異が過大に評価されすぎていたことがわかりました。実際、約40万年前に分岐したショウジョウバエ近縁種を用いて実験を行ったところ、遺伝的背景を異種のものに置き換えた”アウェイ”の状況よりも、本来の”ホーム”の遺伝的背景でしばしば発現量が高くなる(図を参照)ことを見つけました.これは、これまで考えられているよりもずっと速い速度で、トランス因子と遺伝子本体(シス)とが協調しながら進化していることを示しています。つまり、トランス因子(細胞内環境)も変わるのです。

進化するトランス因子を同定することで細胞の発現環境をよりよく理解することに繋げます。

図:3つの異なる遺伝的背景で2種( A と B )の遺伝子の相対発現量。いずれの場合も親種に由来する2つの対立遺伝子は一つの細胞という同じ環境に置かれている。そのため発現量の違いはすべて遺伝子本体のシス調節領域(CRE)の違いによると考えられてきた。しかし、それぞれの種でトランスに働く転写因子(TF)とシス調節領域が互いに補償的に進化してきたとすると、トランス因子は違う種のシス調節領域にはうまく働けないかもしれない(破線で示す)。例えば、A 種にとってのホームの遺伝的背景(左図)では A 種の遺伝子の発現量が高く(発現量を矢印の大きさで示す)、B 種のホームの遺伝的背景(右図)では逆にB 種の遺伝子の発現量が高くなるかもしれない。この場合、雑種での対立遺伝子の相対発現量は必ずしもシス変異の効果だけを表していないことになる。

Two types of cis-trans compensation in the evolution of transcriptional regulation. Takahasi, K. R., Matsuo, T. and Takano-Shimizu-Kouno, T. (2011) Proceedings of the National Academy of Sciences USA 108, 15276-15281


発生過程の頑健性を支えるメカニズム

生命システムの特徴はその正確さと頑健さにあります。エラーを低く抑えるだけでなく、ノイズに対して頑健であることで正常な発生は保障されています。頑健性(ロバストネス)もまた、2つの要素で成立しています。ひとつは冗長性です。その最も単純な機構は遺伝子重複です。私達のゲノム中にもコピー数変異として知られる多型的な重複が数多く存在しています。私達はこの重複の生起率がゲノム比較から推定されるものより3桁高いこと(1)、さらに生じた重複の運命、殊に集団に固定、維持される条件を明らかにしました(2)。突然変異の多くが劣性であることの理由は自然淘汰によって冗長性が保たれていることにあるのかもしれません。

図:新たに生じた重複が機能を保持しながら集団に固定する確率。突然変異の優性の度合い(h、機能遺伝子が1コピーしかない、つまりヘテロ接合の不具合の程度)に対してプロットしている。s は選択係数(機能遺伝子が1コピーもない時の不具合の程度。s = 1 は致死遺伝子)。ショウジョウバエでは致死遺伝子についてh は平均して0.02程度と推定されている(向井、集団遺伝学、1978、講談社サイエンティフィク)。固定確率はこの程度の小さな値で最大値2u(u は突然変異率)となる。

  1. Molecular spectrum of spontaneous de novo mutations in male and female germ line cells of Drosophila melanogaster. Watanabe, Y., Takahashi, A., Itoh, M. and Takano-Shimizu, T. (2009) Genetics 181, 1035-1043.
  2. Enhanced fixation and preservation of a newly arisen duplicate gene by masking deleterious loss-of-function mutations. Tanaka, K. M., Takahasi, K. R. and Takano-Shimizu, T. (2009) Genetics Research 91, 267-280.

2つ目の要素はノイズや撹乱によって生ずる歪みやエラーを能動的に修復する機構です。初期胚の発生はまず前後と背腹の軸をつくることから始まります。ショウジョウバエの前後軸は母親から与えられた bicoid が作る前高後低の濃度勾配によって形成が始まります。人工的に6個の bicoid 遺伝子をもった母親から生まれた胚は頭部が拡大し、尾部側が圧縮されたかたちになります。しかし、こうした撹乱にも関わらず成虫のアロメトリはほぼ正常です。これは拡大した頭部予定領域が過剰な細胞死で相殺,修復されているためです。しかし、どのような遺伝子が細胞死の引き金を引くのか、そもそもどうやって頭部が拡張したことを組織が、細胞がセンスするのかまったく分かっていません。私達はスクリーニングからこの組織の拡大によって起こる細胞死に関わる遺伝子を同定し、Mabiki と名付けました。この遺伝子はカスペース非依存的に、未分化の細胞に細胞死を誘導します。冗長な細胞死経路が頑健さの基盤を作っていると私達は考えています。

ゲノムに潜む、システムの頑健性を支えるメカニズムの全貌の解明に挑戦します。

図:濃度依存的に作用する bicoid 遺伝子のコピー数を人工的に変動させると、それに応じて細胞運命地図が変化する。頭褶(CF)は胚の頭部と胸部の境界に一過的に形成される。bicoid 遺伝子のコピー数が増えると頭部は拡大する。一方、野生型の2コピーより少ない1コピーでは頭部は小さくなる。しかし成虫ではほとんどアロメトリは変わらない。このサイズの歪みを修復する機構があることを示している。ここで卵は左を前にしていて,数字は後端からの頭褶の位置を%で表示したもの。

器官のサイズコントロールとサイズの進化

体や器官のサイズは生存確率や競争の勝敗を決めてしまう要因で、遺伝的に制御されています。驚くことに器官は自律的に”正しい”サイズを知っているかのように振る舞いますが、その機構はよく分かっていません。器官サイズの制御と進化の機構の理解を深める上でショウジョウバエの複眼は優れたモデル系です。実際、ショウジョウバエの個眼数は近縁種のなかでも700から1000を超えるまで変異性に富んでいます。私達は成虫原基のなかで異なる組織への細胞の分配が種間のサイズ変異の主因となっていることを明らかにしました。これは翅で想定されるサイズの制御機構とは大きく異なります。サイズ制御の仕組みは区画化の時期に大きく依存することを示しています。

器官などの細胞集団のもつ自律的なサイズ制御の機構を明らかにしていきます。

 

Mechanisms Sustaining Neuronal Robustness

Neurons exhibit resilience to stress, both internally and externally, maintaining robustness even under the stress caused by excessive activity, commonly referred to as neuronal hyperactivity. However, this resilience to hyperactivity is not lifelong; it diminishes with age and is further compromised by neurodegenerative diseases like Alzheimer’s and Parkinson’s. A key question arises: what molecular events become critical under the stress of hyperactivity? To investigate this, we have been utilizing fruit flies’ optic neurons, functioning as photoreceptors, as a model system. Our research has replicated neuronal hyperactivity through short-term light stimulation, leading to reversible synaptic reorganization. This process has helped clarify its molecular mechanism (Neuron 86(3):711-25, 2015). We found that prolonged light stimulation leads to neurodegeneration. Consequently, we established an experimental system that enables quantitative monitoring of synaptic loss and axonal degeneration (J. Neurosci. 42(24):4937-4952, 2022). While this system is based on an artificially induced ‘light stress’ scenario, it effectively simulates the synaptic loss and axonal changes associated with neuronal hyperactivity, offering valuable insights into the pathology of various neurodegenerative diseases. Moreover, we developed an automated machine learning analysis program, MeDUsA (Hum. Mol. Genet. 32(9):1524-1538, 2023), which has been successful in quantifying neurodegeneration in a large number of samples. This degeneration is caused by the proteins such as Tau, aSyn, TDP-43, and Htt polyQ. Leveraging these findings, and using advanced synaptic analysis techniques alongside our neurodegeneration quantification system, we are dedicated to exploring the molecules essential for neuronal survival and elucidating their underlying mechanisms.

Disease Research Using the Simple Model Organism, the Fruit Fly

We have gained opportunities for collaborative research with clinical research institutions and have recognized that data rapidly obtained from experiments using fruit flies can effectively complement human genome analysis, in silico analysis, mouse and human cultured cells, and clinical studies. So far, we have achieved significant findings in neurological disease research, including the discovery of gene mutations causing central nervous system disorders in rare diseases (Sci. Rep. 13(1):975, 2023; Eur. J. Med. Genet. 66(8):104804. 2023; AJHG 110(8):1356-1376. 2023; Hum. Mol. Genet. 31(1):69-81. 2021) and the development of models to examine the pathological significance of mutations in OPA1, a gene responsible for Autosomal Dominant Optic Atrophy (ADOA) (eLife 23:12:RP87880. 2024). Consequently, we have confirmed the effectiveness of research using the simple model organism, the fruit fly, in clinical studies. With this in mind, we are dedicated to contributing to the field of disease research.

Clarifying Genomic Variants of Uncertain Significance and Supporting Personalized Medicine

The Initiative on Rare and Undiagnosed Diseases (IRUD), driven by AMED (Japan Agency for Medical Research and Development), leverages genomic medicine to diagnose patients with rare and previously undiagnosed diseases. This approach has been made possible by recent rapid advancements in genetic analysis technology, yet it introduces new challenges. A primary challenge is the rise in Variants of Uncertain Significance (VUS) – genetic mutations with unclear roles in disease processes. Clarifying the pathological significance of these VUS requires validation of their effects both in vitro and in vivo. However, such analyses, especially in mouse models, are often not time and cost-effective without definitive evidence of their impact. To overcome this bottleneck, we utilize fruit flies for their rapid and cost-effective genetic analysis capabilities, enabling us to efficiently identify the pathological effects of disease-causing gene mutations. In partnership with clinical researchers, we are committed to elucidating as many VUS as possible. While merely identifying the pathological relevance does not equate to curing the disease, understanding the underlying causes can significantly aid in formulating treatment strategies, thereby offering reassurance to patients who have previously faced uncertainty. We are deeply motivated to contribute to this area, as echoed by the insights we have gained from numerous medical professionals.

生殖学:雑種不妊にみられる脆弱な精巣形成の理由

配偶行動・雌雄のコミュニケーション

遺伝子ネットワーク構築法の開発

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Professor

Takano-Shimizu-kouno, Toshiyuki

19年在職した国立遺伝学研究所をはなれ、2012年4月に嵯峨にやってきました。本人としてはかなり思いきった決断。 「歴史を再現し、今を知り、そして明日を視る」明日のための進化ゲノム学を遂行中。理論と実験に想像力で、目には直接みえない生命の動き、働きや進化を明らかにする。 科学の世界に肩書き不要。相手への礼節は必要。ジャーナル・クラブは自分の売りと売りかたを身につける修練道場。

一言本音 小学生時代の愛読書は世界動物図鑑(いまでもカタログ好き)。サファリの野生動物を守ることに憧れてこの世界に入るも、実は小学校時代から生物学は苦手。ライオンの仲間に加えてもらって一緒に食事にありつきたいと思う。生態学に進むはずが、土壇場で集団遺伝学の分野へ。大学時代のPIは一時、病気療養中であったため、研究室に配属された時が初対面。輝美という名前であったが、男性。ゴッホの自画像に感動。100年生きる研究を残すことが目標。神話が息づく島根県立出雲高校卒。

Professor

Sugie, Atsushi

Assistant Professor

Tomaru, Masatosh ⇒ Tomaru’s page

 

Master’s Program of Applied Biology

Sato Katsunori
Suzuki Fumiko
Yamaoka Masaki

Undergraduate Program of Applied Biology

Inai Kotori
Iwasaki shiho
Kikugawa Tori
Sakurai Moe


Former members of Takano-Shimizu , Tomaru & Sanuki Laboratories including National Institute of Genetics

2021 < Completed Master’s Program >
Monden Masaki
Oiwa Kazuharu

2020 < Completed Master’s Program >
Tanaka Tomoya

< Undergraduate Program Graduation >
Matsumoto Kanki, Yamamura Tomonori

2019 < Completed Master’s Program >
Ibaraki Kimihide

2018 < Completed Master’s Program >
Kawashima Shota, Shirakami Machi

< Undergraduate Program Graduation >
Kawachi Shugetsu, Kimura Yuki

2017 < Undergraduate Program Graduation >
Wakada Haruka

2016 < Completed Master’s Program >
Matsuda Takeru, Miyazaki Yu, Nakatsuka Mihoko, Sasazaki Daisuke

< Undergraduate Program Graduation >
Tamura Ryoma, Yamamoto Syunsuke

2015 < Undergraduate Program Graduation >
Murakami Ginga, Tachibana Eiichi


Timothy L. Karr Arizona State University
森田 俊平 東北大学浅虫海洋生物学教育研究センター 助教
田中 健太郎 東京都立大学理学研究科特任研究員(2015年4月より)
高橋 文 東京都立大学理学研究科 准教授(2012年4月1日より)
高橋 亮 福岡女子大学国際文理学部 学術研究員
河邊 昭 京都産業大学生命科学部先端生命科学科 教授
藤川 和世 (株)エヌビィー健康研究所(2009年11月1日より)
高橋 一男 神奈川大学理学部生物科学科 教授
渡邊 豊 イルミナ株式会社
立田 晴記 九州大学理学研究室生物科学部門 教授(2021年6月より)

 

2024

Nitta Y., Osaka J., Maki R., Hakeda-Suzuki S., Suzuki E., Ueki S., Suzuki T., Sugie A., (2024) eLife 10.7554/eLife.87880.2 model to clarify the pathological significance of OPA1 in autosomal dominant optic atrophy.

Chauvin SD, Ando S, Holley JA, Sugie A., Zhao FR, Poddar S, Kato R, Miner CA, Nitta Y, Krishnamurthy SR, Saito R, Ning Y, Hatano Y, Kitahara S, Koide S, Stinson WA, Fu J, Surve N, Kumble L, Qian W, Polishchuk O, Andhey PS, Chiang C, Liu G, Colombeau L, Rodriguez R, Manel N, Kakita A, Artyomov MN, Schultz DC, Coates PT, Roberson EDO, Belkaid Y, Greenberg RA, Cherry S, Gack MU, Hardy T, Onodera O, Kato T,corresponding author and Miner JJ,corresponding author. (2024) Nat Commun. 15: 4696. Inherited C-terminal TREX1 variants disrupt homology-directed repair to cause senescence and DNA damage phenotypes in Drosophila, mice, and humans.

Iida T., Igarashi A., Fukunaga K., Aoki T., Hidai T., Yanagi K., Yamamori M., Satou K., Go H., Kosho T., Maki R., Suzuki T., Nitta Y., Sugie A., Asaoka Y., Furutani-Seiki M., Kimura T., Matsubara Y., Kaname T. (2024) Front. Genet. 15:1383176. doi: 10.3389/fgene.2024.1383176 Functional analysis of RRAS2 pathogenic variants with a Noonan-like phenotype.

Osaka J, Ishii A, Wang X, Iwanaga R, Kawamura H, Akino S, Sugie A, Hakeda-Suzuki S, Suzuki T. (2024) Cell Rep. Feb 19;43(2):113798. doi: 10.1016/j.celrep.2024.113798. Online ahead of print. PMID: 38381608  Complex formation of immunoglobulin superfamily molecules Side-IV and Beat-IIb regulates synaptic specificity.

 

2023

Vetro et al., (2023) The American Journal of Human Genetics 110(8):1356-1376. doi: 10.1016/j.ajhg.2023.06.008 Stretch-activated ion channel TMEM63B associates with developmental and epileptic encephalopathies and progressive neurodegeneration.

Yamada M., Nitta Y. Uehara T., Suzuki H., Takenouchi T., Tamura M., Ayabe S., Yoshiki A., Maeno A., Saga Y., Tamio Furuse T., Yamada I., Okamoto N., Sugie A., Kosaki K., (2023) European Journal of Medical Genetics 66(8):104804. doi: 10.1016/j.ejmg.2023.104804 Heterozygous loss-of-function DHX9 variants are associated with neurodevelopmental disorders. Co-corresponding authors

Nitta Y., Osaka J., Maki R., Hakeda-Suzuki S., Suzuki E., Ueki S., Suzuki T., Sugie A., (2023) eLife Drosophila model to clarify the pathological significance of OPA1 in autosomal dominant optic atrophy. reviewed preprint

Itai T., Sugie A., Nitta Y., Maki R., Suzuki T., Shinkai Y., Watanabe Y., Nakano Y., Ichikawa K., Okamoto N., Utsuno Y., Koshimizu E., Fujita A., Hamanaka K., Uchiyama Y., Tsuchida N., Miyake N., Misawa K., Mizuguchi T., Miyatake S., Matsumoto N. (2023) Scientific Reports, Volume 13, Article number: 975. A novel NONO variant that causes developmental delay and cardiac phenotypes.

Nitta Y., Kawai H., Maki R., Osaka J., Hakeda-Suzuki S., Nagai Y., Doubková K., Uehara T., Watanabe K., Kosaki K., Suzuki T., Tavosanis G., Sugie A. (2023) Human Molecular Genetics, Volume 32, Issue 9, Pages 1524-1528. Direct evaluation of neuroaxonal degeneration with the causative genes of neurodegenerative diseases in Drosophila using the automated axon quantification system, MeDUsA. SugieLab/MeDUsA (github.com)

 

2022

Osaka J., Yasuda H., Watanuki Y., Kato Y., Nitta Y., Sugie A., Sato M., Suzuki T. (2022) Genes & Genetic Systems, Volume 97, Issue 6, Pages 297-309. Identification of genes regulating stimulus-dependent synaptic assembly in Drosophila using an automated synapse quantification system.

Nitta Y., Sugie A.. (2022) Fly, Volume 16, Issue 1, Pages 275-298. Studies of neurodegenerative diseases using Drosophila and the development of novel approaches for their analysis.

Richard M., Doubková K., Nitta Y., Kawai H., Sugie A., Tavosanis G. (2022) The Journal of Neuroscience, Volume 42, Issue 24, Pages 4937-4952. A Quantitative Model of Sporadic Axonal Degeneration in the Drosophila Visual System.† Co-corresponding authors

Utomo Y. R., Sugie A., Okada S., Miura K., Nakamura H. (2022) Chemical Communications, Volume 58, Issue 15, Pages 2576-2579. Detoxification of amyloid β fibrils by curcumin derivatives and their verification in a Drosophila Alzheimer’s model.  Co-corresponding authors

 

2021

Kato T., Manabe R., Igarashi H., Kametani F., Hirokawa S., Sekine Y., Fujita N., Saito S., Kawashima Y., Hatano Y., Ando S., Nozaki H., Sugai A., Uemura M., Fukunaga M., Sato T., Koyama A., Saito R., Sugie A., Toyoshima Y., Kawata H., Murayama S., Matsumoto M., Kakita A., Hasegawa M., Ihara M., Kanazawa M., Nishizawa M., Tsuji S., Onodera O. (2021) Journal of Clinical Investigation, Volume 131, Issue 22, e140555. Candesartan prevents arteriopathy progression in cerebral autosomal recessive arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy model.

Sakamoto M., Sasaki K., Sugie A., Nitta Y., Kimura T., Gürsoy S., Cinleti T., Iai M., Sengoku T., Ogata K., Suzuki A, Okamoto N., Iwama K., Tsuchida N., Uchiyama Y., Koshimizu E., Fujita A., Hamanaka K., Miyatake S., Mizuguchi T., Taguri M., Ito S., Takahashi H., Miyake N., Matsumoto N. (2021) Human Molecular Genetics, Volume 31, Issue 1, Pages 69-81. De novo ARF3 variants cause neurodevelopmental disorder with brain abnormality

Takechi H., Hakeda-Suzuki S., Nitta Y., Ishiwata Y., Iwanaga R., Sato M., Sugie A., Suzuki T. (2021) eLife, Volume 10, e66718. Glial insulin regulates cooperative or antagonistic Golden goal/Flamingo interactions during photoreceptor axon guidance.

 

2019

Nitta Y., Matsui S., Kato Y., Kaga Y., Sugimoto K., Sugie A. (2019) Scientific Reports, Volume 9, Article number: 8857. Analysing the evolutional and functional differentiation of four types of Daphnia magna cryptochrome in Drosophila circadian clock.

2018

Sugie A., Marchetti G., Tavosanis G. (2018) Neural Development, Volume 13, Article number: 14. Structural aspects of plasticity in the nervous system of Drosophila.

Itoh, M., Kajihara, R., Kato, Y., Takano-Shimizu, T., and Inoue, Y. (2018) Frequencies of chromosomal inversions in Drosophila melanogaster in Fukushima after the nuclear power plant accident. PLoS ONE 13(2): e0192096

植田充美 監修/高野敏行他36名 バイオテクノロジーシリーズ – AI導入によるバイオテクノロジーの発展 Development of Biotechnology by the Introduction of AI シーエムシー出版 2018年2月9日発行

Tomaru, M., Ohsako, T., Watanabe, M., Juni, N., Matsubayashi, H., Sato, H., Takahashi, A., & Yamamoto, M.-T. 2018. Severe fertility effects of sheepish sperm caused by failure to enter female sperm storage organs in Drosophila melanogaster. G3 (Bethesda) 8: 149–160 https://doi.org/10.1534/g3.117.300171

2017

Sugie A., Möhl C., Hakeda-Suzuki S., Matsui H., Suzuki T., Tavosanis G. (2017) Journal of Visualized Experiments, 120, e55716. Analyzing synaptic modulation of Drosophila photoreceptors after exposure to prolonged light.  Co-corresponding authors

Nitta Y. and Sugie A. (2017) Biochemical and Biophysical Research Communications, Volume 487, Issue 1, Pages 116-121. DISCO Interacting Protein 2 determines direction of axon projection under the regulation of c-Jun N-terminal kinase in the Drosophila mushroom body.   Co-corresponding authors

Nitta Y. and Sugie A. (2017) Biochemical and Biophysical Research Communications, Volume 487, Issue 4, Pages 898-902. Identification of glaikit in a genome-wide expression profiling for axonal bifurcation of the mushroom body in Drosophila.    Co-corresponding authors

Nitta Y., Yamazaki D., Sugie A., Hiroi M., Tabata T. (2017) Developmental Biology, Volume 421, Issue 2, Pages 233-244. DISCO Interacting Protein 2 regulates axonal bifurcation and guidance of Drosophila mushroom body neurons.

Matsumoto, Y., Goto, T., Nishino, J., Nakaoka, H., Tanave, A., Takano-Shimizu, T., Mott, R. F., and Koide, T. (2017) Selective breeding and selection mapping using a novel wild-derived heterogeneous stock of mice revealed two closely-linked loci for tameness. Scientific Reports 7, 4607

鷲谷いづみ 監修/桂勲 編 高野敏行他7名 遺伝学 –遺伝子から見た生物– 培風館 2017年1月20日発行

 

2015

Sugie A., Hakeda-Suzuki S., Suzuki E., Silies M., Shimozono M., Möhl C., Suzuki T. and Tavosanis G. (2015) Neuron, Volume 86, Issue 3, Pages 711-725. Molecular remodeling of the presynaptic active zone of Drosophila photoreceptors via activity-dependent feedback.

2014

Kanamori, T., Yasuno, Y., Tomaru, T., and Takano-Shimizu-Kouno, T. Reduced male fertility of the Canton-S strain due to spermiogenic failure. (2014) Drosophila Information Service 97, 21-24

遺伝子が語る生命38億年の謎 - なぜ、ゾウはネズミより長生きか?、2014年6月、悠書館(国立遺伝学研究所 編 第1章を執筆)

Tanaka,K.M.*,Takahashi,A.,Fuse,N.,and Takano-Shimizu-Kouno,T.* (2014)A novel cell death gene acts to repair patterning defects in Drosohila melanogaster.Genetics 197,739-742. doi:10.1534/genetics.114.163337.Text Shirata, M., Araye, Q., Maehara, K., Enya, S., Takano-Shimizu, T., and Sawamura, K. (2014) Allelic asymmetry of the Lethal hybrid rescue (Lhr) gene expression in the hybrid between Drosophila melanogaster and D. simulans: confirmation by using genetic variations of D. melanogaster. Genetica 142, 43-48.Text

2013

Berger-Müller S.Sugie A., Takahashi F., Tavosanis G., Hakeda-Suzuki S., Suzuki T. (2013) PLOS ONE, Volume 8, Issue 12, e83732. Assessing the role of cell-surface molecules in central synaptogenesis in the Drosophila visual system.
†These authors contributed equally.

 

 

遺伝子図鑑、2013年10月、悠書館(国立遺伝学研究所「遺伝子図鑑」編集委員会、斉藤成也、荒木弘之、角谷徹仁、小林武彦、高野敏行 編集)

岩波 生物学辞典 第5版、2013年2月、岩波書店(新項目「量的形質遺伝子座」の執筆と50項目の校閲を担当)

2012

Koide, T., Goto, T., and Takano-Shimizu T. (2012) Genomic Mixing to Elucidate the Genetic System of Complex Traits. Experimental Animals 61, 503-509.

Nishimura, A., Ishida, Y., Takahashi, A., Okamoto, H., Sakabe, M., Itoh, M., Takano-Shimizu, T., and Ozaki M. (2012) Starvation-induced elevation of taste responsiveness and expression of a sugar taste receptor gene in Drosophila melanogaster. Journal of Neurogenetics 26, 206-215.

進化学事典、2012年4月、日本進化学会編、共立出版(16.1「遺伝子とは」と20.21「形質の遺伝的変異」を担当)

Takahashi, A., Fujiwara-Tsujii, N., Yamaoka, R., Itoh, M., Ozaki, M. and Takano-Shimizu, T. (2012) Cuticular hydrocarbon content that affects male mate preference of Drosophila melanogaster from West Africa. Int. J. Evol. Biol. Volume 2012, Article ID 278903.

2011

Takahashi, A. and Takano-Shimizu, T. (2011) Divergent enhancer haplotype of ebony on inversion In(3R)Payne associated with pigmentation variation in a tropical population of Drosophila melanogaster. Molecular Ecol. 20, 4277-87.

Takahasi, K. R., Matsuo, T. and Takano-Shimizu-Kouno, T. (2011) Two types of cis-trans compensation in the evolution of transcriptional regulation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108, 15276-15281

Takahashi, K. H., Daborn, P. J., Hoffmann, A. A., and Takano-Shimizu, T. (2011) Environmental stress-dependent effects of deletions encompassing Hsp70Ba on canalization and quantitative trait asymmetry in Drosophila melanogaster. PLoS ONE 6, e17295

2010

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